Chez les Aeon, il y a deux faction, un groupe de fanatique qui combat avec les séraphims, et un autre qui combat du coté de l´alliance.
En fait dans l´histoire du supcom, le docteur Brackman veut améliorer son ordinateur avec inteligence artificiel, qui s´appel IAQ. En volant des artéfacts AEON qui était a l´origine au 1er groupe séraphime rencontrer par l´humanité, et qui a par la suite donner naissance au aeon.
A la fin de supcom, IAQ a été corompue par les artéfacts et a guider les armées séraphime vers notre galaxie.