Tu créés un dossier "mods" dans ton dossier de Supreme Commander (ici sous seven 64bits par défaut C:\Program Files (x86)\THQ\Gas Powered Games\Supreme Commander\ par exemple)
Dans ce dossier, tu fais un autre dossier avec le nom de ton mod.
Ensuite, à l'interieur tu fais un fichier "mod_info.lua"
Dans ce fichier tu mets
name = "nom de ton mod"
uid = "ton uid, c'est pas très important pour le moment mais tu peux en avoir un sur le web"
version = 1
copyright = ""
description = "ta description"
selectable = true
enabled = true
exclusive = false
ui_only = false
requires = { }
requiresNames = { }
conflicts = { }
before = { }
after = { }
Ensuite, tu fais un dossier "hook"
Dans ce dossier tu mettras tes unités modifiés, qui seront elles mêmes dans un dossier "units" et dans leur dossier respectif pour respecter la hierachie du jeu 
Tu peux créer des fichier "mods_units_aeon.bp" par exemple, et les présenter comme ça pour que ça rentre dans 1 seul fichier
UnitBlueprint {
Merge = true,
BlueprintId = "ual0001",
ça c'est l'id de ton unité, ici le commandeur aeon
et ici tu mets toutes les modifications en prenant pour modele les unités déjà existantes
}
Pour voir quelle unité est quoi tu peux regarder sur http://www.supcomdb.com/, clique sur une unité et dans l'url tu auras son raccourcis, par exemple quand tu cliques sur le scout aeon tu as uaa0101
Voilà ça doit pas être super clair, si t'as des questions n'hésite pas 