On ne sait pas ce que devient Shepard mais le G-Man ne le tue pas. Mais il tient à ce que Shepard ne puisse pas réveler à tout le monde ce qui s´est passer à Black Mesa.
Donc, il l´envoie dans un endroit ou il ne risquera pas de raconter son histoire. Où ? Mystère...
Peut-être que HL² nous en apprendra plus. Si ça se trouve, peut-être que le G-Man a forcer Shepard à travailler pour lui ( comme Freeman) ?