Bon voici ma théorie.
Vu le contexte de Ground Zeroes (l'action est sensée se passer en 1974) on se dit que l'Idroid est anachronique vu l'époque.
Quand on commence une mission secondaire on nous présente celle ci par les mots "une recréation historique blabla...".
Et si à la manière de Assassin's Creed on ne contrôlait pas vraiment Big Boss mais un nouveau héros (post mgs4) qui effectue une mission VR plus évoluée que ce que l'on connait?
Pour Kojima cela permettrait de traiter un pan de l'histoire de Biggy mais aussi de relancer sa saga pour le futur.
Cela permettrait aussi d'expliquer la connexion entre les soldats ou pourquoi on suit Snake en plan séquence du début à la fin.
Enfin vu qu'on parle de reconstitution y'a pas à être fidèle à 100%, ce qui pourrait expliquer certaines incohérences dans cette mission VR.