Peut être que certains l'on déjà dit, mais je vais redire quand m^me :
Pendant la guerre des Mavericks, Sigma a mis au point le virus Sigma. Les Reploids infectés deviennent alors des Mavericks. Zero fut également infecté, et son "esprit" fut transféré dans une base DATA, pendant que son corps était analysé (au passage, ce virus a servi à fabriquer Mother Elf, grâce à laquelle X a détruit définitivement Sigma et son virus).
Cependant, un scientifique Maverick nommé Dr. Weil s'est infiltré dans la base et a dérobé Mother Elf et le corps Original de Zero. Il transforma Mother Elf en Dark Elf et créa une armée de Reploids maléfiques boosté par les clones de Dark Elf.
Après ça, il utilisa le corps de Zero et son programme original Maverick pour en faire Oméga, qu'il améliora en utilisant le pouvoir de Dark Elf et en lui fabriquant une super armure pour lui permettre de surpasser ses limites. Entre temps, Zero avait reçu un nouveau corps et il se lança avec X à l'assaut d'Omega. Celui ci fut battu et exilé dans l'espace, Weil lui fut modifié pour ce régénerer à l'infini pour subir la torture d'une vie sans fin ( il s'en tira bien cependant).
Donc, le Zero que l'on affronte dans Rockman Zero 3 est Omega dans le corps Original de Zero, le Zero que l'on incarne depuis RZ 1 est le Zero Original dans son nouveau corps.
J'espère que ça t'aidera à mieux comprendre l'histoire ^^