le début du script parle de l´activation de halo par les forerunners, d´ailleurs ceux ci discutent entre eux, et parlent de l´avancée des floods, de leur victoire sur les forerunners, et de la "promesse", qui permettrait aux forerunners de persister, tandis que les floods seraient éliminés. Bien sûr il s´agit de l´activation des Halo, et donc toute vie disparaîtra, sauf celle de Cephaus, qui aura l´opportunité de persister dans le même état à travers le temps, il sera évidemment cryogénisé, du moins en quelques sortes, mais avec une technologie forerunner, plus avancée que celle des humains pour la cryogénisation.
Ensuite, l´histoire reprend à peu près là où elle s´était arrêtée dans Halo 2, autour de la Terre, en Orbite et dans l´atmosphère, en décrivant les combats.