Nous sommes en l’an 2015 et notre histoire se déroule à Tokyo. Ayato Kamina est un jeune étudiant de 17 ans. Sa vie ressemble à celle de tout autre étudiant, lorsqu’un beau jour il se retrouve avec ses amis en plein milieu d’un conflit armé surgi de nulle part se déroulant dans sa ville.
L’attaque a lieu alors qu’il se trouve dans le métro avec ses amis. Sonné mais indemne, il court chercher de l’aide à l’extérieur du métro. Il va alors se rendre compte que la ville est assiégée par des avions de chasse inconnus. Se demandant ce qu’il se passe, il manque se faire tuer à de nombreuses reprises avant de continuer ses recherches pour trouver un médecin pour ses amis. C’est alors qu’il rencontre Reika Mishima, une autre camarade de classe qui, semble-t-il, a échappé à l’attaque.
Les événements vont alors s’accélérer au moment où Mishima entend une lointaine mélodie. Ils vont faire la connaissance de l’arme secrète de Tokyo : une sorte de robot géant qui semble piloté à distance par une chanson. Dans leur fuite, ils vont se retrouver dans une autre rame de métro où Ayato va rencontrer Haruka Shitow, qui va le sauver d’une tentative d’enlèvement par de mystérieux hommes en noir. Pour rajouter à l’étrangeté de la situation, ces hommes ont le sang bleu et Mishima a disparu !
Troublé et choqué par tout ce qui lui arrive, Ayato décide de s’enfuir seul dans le métro sans suivre Haruka qui lui proposait son aide. Il va retrouver mystérieusement Reika dans la rame et s’arrêter à une station un peu particulière : le temple de Xephon. N’écoutant que son courage, il s’aventure plus avant vers sa destinée et découvre un œuf géant qui renferme un robot géant : le RahXephon. Au même moment, une forteresse dénommée Hiranipra apparaît d’une autre dimension dans le ciel déjà troublé de Tokyo. Il s’agit de MU, l’envahisseur.
Les révélations vont s’accumuler par la suite lorsque Ayato va découvrir qu’il vit prisonnier dans une fausse réalité représentée par Tokyo Jupiter, une structure prenant le forme d’un dôme d’un diamètre d’environ 150 kilomètres qui englobe presque entièrement le centre de Tokyo. De l’extérieur, ce dôme ressemble à s’y méprendre à Jupiter, ce qui lui vaut son appellation de Tokyo Jupiter. Ayato n’est pourtant pas le seul dans cette situation, 23 millions de personnes sont prises au piège de cette structure et vivent en totale méconnaissance du véritable monde extérieur.
Qu’adviendra-t-il d’Ayato dans ce monde artificiel qui lui semblait pourtant si réel ? Il va décider de faire le premier pas vers sa nouvelle vie en prenant contact avec l’organisation TERRA ( Tereno Empireo Rapidmova Reakcii Armeo), mandatée par la fédération terrienne, et dont le but est d’éradiquer la menace représentée par MU.
