Les missions sont facultatives et entre chacune d´elles rien ne t´empêche faire ton chemin comme tu l´entends sans contrainte de durée, d´ailleurs au lancement tu as le choix d´une partie avec ou sans scénario.
En fait, à part la trame principale il n´y aucun guide, on est vraiment lâché dans l´univers et c´est au joueur de fixer ses objectifs et d´orienter son jeu.
Sur le fond, je dirais que les missions servent à deux choses.
D´une part elles permettent d´établir le background et l´évolution de l´univers X en y faisant participer le joueur.
D´autre part ce qui ne saute pas forcément aux yeux c´est qu´elles présentent plusieurs aspects du jeu que le joueur pourra explorer par lui même.
Finalement, et selon les personnes ça peut être un problème, avec X3 on est obligé de jouer librement.