En gros :
/!\ ATTENTION SPOILER
Au début du jeu tu es arrêté pour avoir tenté de voler un vaisseau avec un ami, mais tu es libéré par Ban Danna, le big boss de l´Intelligence Service des Argon, qui étonnement te confie un (petit) vaisseau et te dit "démerdes-toi avec ça"
Quelques missions plus tard tu apprends que ton père, Kyle Brennan, a disparu mystérieusement et tu pars à sa recherche sur fond d´attaque des Khaaks un peu partout dans l´univers. Tu finis par retrouver un vieux vaisseau mythique disparu depuis des lustres que ton père et TerraCorp cherchaient car il pourrait contenir des informations pour rejoindre la Terre. Ton père l´avait retrouvé mais il a été enlevé par les Khaaks.
Tu finis par récupérer le papounet, mais il est dans le coma. Enfin en apparence car il finit par s´enfuir, et tandis que tu pars encore une fois à sa recherche, les Khaaks lancent alors une attaque d´envergure sur le secteur d´Omicron Lyrae, où tout le monde se retrouve pour se foutre sur la gueule. Là bas tu retrouves ton père qui, depuis son enlèvement, semble "connecté" aux Khaaks et vous guide, toi et tes potes, pour trouver leur point faible et détruire leur croiseur principal. Dans l´opération, ton copain du début se sacrifie, mais le croiseur est détruit, et c´est tout, ça s´arrête là
/// SPOILER