Pour ma part, de ce que j'en retire entre ce qui est dit ici et sur gamefaq, au final le bug n'intervient que lorsqu'une sauvegarde plus ancienne que celle de SC3 est déplacée ou supprimée.
Donc je suppose que prendre une memory card toute neuve, faire en premier lieu une save de SC3, puis sauvegarder le reste ensuite suffira à éviter le bug.
Me corriger si je me trompe.
(pour ma part, j'ai bien eu une corruption de données, j'ai plus touché à SC3 depuis deux berges tant ça m'a deg'...)