Pour ma part les 2 jeux sont vraiment différents et difficile à départager.
Côté graphisme, SH3 est bien plus immersif (vue extérieure libre, équipage modélisé, textures plus fines, meilleur moteur physique...), alors que DW est très austère (c'est dommage que l'intérieur des véhicules ne soient pas modélisé comme dans SH3).
Côté bande-son, je préfère SH3 qui est là-aussi plus immersif, par sa musique, ses effets, mais aussi ses voix en allemand (les accents russes et chinois en anglais de DW sont un peu gros...).
Par contre, question réalisme, DW me parait meilleur. Le comportement des ondes sonore notamment est très bien modélisé (leur vitesse varie en fonction de paramètre naturels). Et on sent l'expérience professionnelle de Sonalyst.
Côté gameplay, ce n'est pas du tout pareil. Dans DW, les sous-marins sont modernes et facile à manier, les armes sont puissantes et faciles à utiliser (longue portée, armes à tête chercheuse...). La difficulté est pour moi toute la partie détection/instrumentation. Dans SH3, la difficulté vient plutôt du maniement d'un sous-marin de la 2ème GM (lent, à diesel, air limité, etc.) et de ses torpilles rustiques. Je trouve les deux intéressants, SH3 est plus oppressants, et DW plus high-tech.
Un point où ils sont égaux : l'absence de tutoriel dans le jeux (celui de SH3 n'est pas plus utile qu'une mission normale)...