Hum, la seule fois où les Super Emeralds sont apparues est dans Sonic 3 and Kuckles, une fois que l´on pénétrait avec les sept Chaos Emeralds dans le Hidden Palace grâce à un anneau géant.
Quand on arrive, les émeraudes se mettent à flotter autour de la Master Emerald, avant de disparaître puis de réaparaître autour de la Master Emerald dans leur forme de Super Emerald. Cependant, elles sont alors toutes de couleur grise, c´est à dire vidées de leur pouvoir, un peu de la même façon qu´avec Perfect Chaos dans Sonic Adventure. Il faut alors compléter 7 nouveaux Special Stages pour restaurer leur pouvoir. Quand c´est fait, on voit la Master Emerald se mettre à briller plus intensément et on voit un message marqué selon le personnage que l´on dirige :
Sonic peut se transformer en Hyper Sonic
Knuckles peut se transformer en Hyper Knuckles
Tails peut se transformer en Super Tails
Après, les Super Emeralds ne font plus grand chose dans l´histoire. On suppose qu´elles reprennent leur forme de Chaos Emeralds une fois le jeu terminé, s´éparpillant dans le monde jusqu´à la prochaine aventure.
Détail important : Comparez la forme des Chaos Emeralds dans les jeux old-schools, puis celles à partir de Sonic Adventure. On peut constater que leur nouveau look se rapprochent plus de celui des Super Emeralds que des anciennes Chaos Emeralds. Pourquoi, c´est la grosse question à se poser.