comme je l´ai dit c´est un (gros) spoiler!
Voici l´histoire version neutre!
Attention,si ne voulez pas savoir ne regarder pas! 
je l´ai receuilli sur planete-sonic!
SPOILER
En mode neutre, c´est-à-dire en n´effectuant aucune mission, je vais tâcher de détailler le scénario, les missions et les évènements. Gros spoilers en perspective :D.
Après avoir maté l´intro, le jeu commence directement par Westopolis. Les deux missions proposées sont simples, histoire de bien manier le hérisson :
- Hero : Détruisez 45 Aliens
- Dark : Détruisez 35 soldats du G.U.N.
Le niveau terminé, des cinématiques commencent.
Quartier générale du GUN, un soldat parle au général :
Les Aliens ont frappé dans six villes majeures autour du globe et toutes les villes rapportent d´importants dégâts et accidents.
Parmi elles, Westopolis a recueilli les plus lourds dégâts du fait de son faible système de défense. Maintenant, que je me souviens, nous avons vu Shadow aussi.
Le général : Tuez tout le monde, y compris Shadow.
Soldat : Mais c´est notre ami !
Général : C´est un ordre !
Soldat : Ok.
Général : Tu ne peux pas me duper, Shadow le Hérisson.
A Westopolis, Shadow marche à travers la ville avec 2 Emeraudes, le fantôme de Doom apparaît et lui dit :
Tu m´as désobéi délibérément, Shadow !
Shadow : Personne n´a à me dire ce que je dois faire. J´ai mes propres intêrets à collecter les Emeraudes du Chaos.
Doom : Tu ne comprends VRAIMENT pas la situation ici, n´est-ce pas ? !
Scène suivante : Glyphic Cannon Shadow se retrouve couché par terre. Il s´éveille.
Err... où... suis-je ? Waah, je crois que j´ai sous-estimé ses pouvoirs.
Hmm, il se passe vraiment quelque-chose par ici. Maintenant c´est à moi de découvrir ce que c´est !
Le niveau commence. Shadow dit :
Je ne me souviens pas de cet endroit. C´est comme le Temple Volant.
Il rencontre Knuckles :
Toi aussi, tu les as vus n´est-ce pas ? Ces créatures noires flottant un peu partout ici.
- Hero : détruisez 50 Aliens
Ensuite vous êtes face à l´oeil de Doom :
Tu dois trouver la pierre précieuse qui est la clé du réveil de notre temple, et de la libération de son pouvoir.
- Dark : activez 5 joyaux de puissance.
Niveau terminé.
Le Président dans ses quartiers :
Monsieur le Président, nous avons reçu un rapport venant de l´Agence Centrale de Renseignement.
"coupure"
Le Président dit :
Ils ont sauvé le monde. J´espère qu´ils le referont encore une fois.
Troisième niveau : Prison Island.
Shadow apparaît et regarde aux alentours. Il dit ensuite :
Je me demande s´il y a une Emeraude du Chaos par ici.
Il se souvient d´un fragment de son passé.
La scène, quand il était dans une chambre, Sonic Adventure 2 :
Waah ? Je me suis en quelque sorte échappé, mais je me suis ensuite fait capturer par ces humains. Mais d´où ? Et pourquoi ?
Je connais cet endroit. Je ressens comme si j´y ai déjà été.
Le niveau débute.
L´oeil de Doom vous confie cette mission :
- Dark : détruisez 40 Humains
Ensuite vient Charmy :
Heeey Shadow ! Je dois te demander quelque chose. Vector m´a dit qu´il veut que je trouve cinq disques top secrets.
- Hero : Trouvez les 5 disques top secrets
Fin du niveau
Eggman observe ce qu´il se passe à Westopolis depuis ses écrans :
Ces idiots ! Ils vont tout détruire !
Comment je peux prendre le contrôle de la ville et construire l´Empire Eggman s´il n´y en a pas une ? ! Je suis à ma limite ! Je n´ai pas le choix !
La flotte d´Eggman est envoyée : CHARGE !
Niveau suivant : Sky Troops
Vous vous retrouvez dans un lieu similaire à Glyphic Cannon. C´est probablement le même.
La flotte d´Eggman apparaît, de gros vaisseaux volants sont aperçus.
L´oeil de Doom vous confie cette mission :
- Dark : détruisez 5 vaisseaux d´Eggman
Ensuite vous rencontrez Eggman :
- Hero : détruisez les 5 joyeux de puissance
Niveau suivant : Iron Jungle.
Shadow apparait et voit sa copie en face de lui. Il saute en arrière et dit :
Comment est-ce possible ? Qui es-tu ? ?
Shadow découvre un grand nombre de ses clones.
Eggman arrive et dit : Voici les robots Shadow.
La flotte Eggman est puissante, mais ces créatures noires sont un formidable adversaire.
Je dois retourner à la base pour élaborer un nouveau plan.
Shadow rencontre Omega :
Es-tu l´original ?
Il lui dit ensuite :
Si tu cherches Eggman, il est en train de fuir à bord de son vaisseau le Egg Baloon.
- Hero : trouvez le "Egg Balloon"
L´oeil de Doom, ensuite :
- Dark : tuez 28 Humains.
Niveau terminé.
Scène avec Omega et Shadow "coupure"
Shadow demande : Docteur, attendez. Dites moi qui je suis !
Eggman : Tu es ma création, Shadow. Tu es un robot, comme les autres.
Affrontement face au Boss :
C´est ce que tu vas prendre pour t´être retourné contre ton maitre !
Niveau suivant : Lava Shelter
Shadow se souvient :
Hmmm
Souvenez-vous de la scène où il tente de stopper la chute de l´ARK...
Shadow dit :
Les piéces du puzzle se remettent en place.
Cette "forme de vie ultime" dont ils ne cessent de parler est le hérisson noir et il est mort !
Et ensuite Eggman m´a recréé. Je vais lui faire payer !
Le niveau commence et vous êtes en compagnie d´Oméga :
- Hero : finissez le niveau
Dans ce niveau, vous êtes obligé d´accepter une mission, soit Hero, soit Dark.
Ensuite, après quelques minutes, Dr. Eggman apparaît :
- Dark : activez 4 mécanismes de défense
Ensuite vient le Boss final et la fin.
! surtout que si on va sur Planète-sonic on trouve le même spoiler !
