Deuxième tour ( aller : 02-03 juillet, retour : 09-10 juillet)
A: La Corogne ( ESP) - La Vallette ( MLT) ou Buducnost Podgorica ( SEM)
B: Saint-Etienne ( FRA) - Lernagorts-Ararat ( ARM) ou Neuchâtel Xamax ( SUI) ( si c’est Neuchâtel, le match en Suisse se jouera à Genève - cf.ci-dessous- si c’est Ararat, ce sera au Abovyan stadium d’Erevan). 
C: Trans Narva ( EST) ou Lokeren ( BEL) - Young Boys Berne ( SUI)
D: Wolfsburg ( ALL) - Ranger´s ( AND) ou Sturm Graz ( AUT)
E: Skala Itrottarfelag ( FER) ou Tampere United ( FIN) - Charleroi ( BEL)
F: Slovan Liberec ( TCH) - Beitar Jerusalem ( ISR) ou Sileks ( MCD)
G: Lens ( FRA) - Karvan ( AZE) ou Lech Poznan ( POL)
H: Cluj ( ROU) ou Vetra ( LIT) - Athletic Bilbao ( ESP)
I: Sigma Olomouc ( TCH) - Tiligul Tiraspol ( MOL) ou Pogon Szczecin ( POL)
J: Hambourg ( ALL) - Smederevo ( SEM) ou Pobeda ( MCD)
K: Ankaraspor ( TUR) - Vasas ( HUN) ou Dubnica ( SVQ)
L: Slaven Koprivnica ( CRO) ou Ptuj ( SLO) - Olympiakos Nicosie ( CHY) ou Gloria Bistrita ( ROU)
M: Dinamo Tirana ( ALB) ou Varteks ( CRO) - International Turku ( FIN) ou Akranes ( ISL)
N: Bohemian ( IRL) ou Gent ( BEL) - Neman Grodno ( BLR) ou Zlin ( TCH)
O: Lombard-Papa ( HUN) ou WIT ( GEO) - Victoria Rosport ( LUX) ou IFK Goeteborg ( SUE)
P: Zalgiris Vilnius ( LIT) ou Lisburn Distillery ( IDN) - Bangor City ( PDG) ou Dinaburg ( LET)
Le stade de la Charrière étant actuellement en réfection, Neuchâtel Xamax ira disputer ses matches de Coupe Intertoto au stade de la Praille ( Genève). Le 25 juin, les hommes d´Alain Geiger y affronteront le FC Ararat d´Erevan en match retour du premier tour. En cas de qualification, les Neuchâtelois accueilleront l´AS Saint-Étienne, toujours à Genève. Source : site officiel Neuchâtel Xamax
