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Les États membres ont été obligés de réglementer l´utilisation confinée de micro-organismes génétiquement modifiés, afin de limiter au maximum les effets négatifs qu´ils peuvent avoir sur la santé humaine et l´environnement, car les micro-organismes libérés dans l´environnement d´un État membre, au cours de leur utilisation confinée, peuvent se répandre dans d´autres États membres.
La directive classe les micro-organismes génétiquement modifiés en deux catégories d´après le risque qu´ils représentent.
Afin de limiter au maximum les risques pour la santé humaine ou l´environnement, l´utilisateur doit suivre certains principes de sécurité et d´hygiène. De plus, lors de la première utilisation de micro-organismes génétiquement modifiés dans une installation particulière, l´utilisateur doit présenter aux autorités une notification leur permettant de s´assurer que l´installation proposée se prête à cette activité sans danger.
La notification contient des informations différentes selon le degré de risque en cause.
Les États membres peuvent, s´ils le désirent, prévoir que des groupes ou le public seront consultés sur tout aspect de l´utilisation confinée envisagée.
Les États membres doivent s´assurer qu´un plan d´urgence est établi afin de réagir efficacement en cas d´accident et que les personnes susceptibles d´être affectées par un accident sont informées sur tous les aspects se rapportant à leur sécurité.
En cas d´accident, l´utilisateur doit immédiatement en informer l´autorité compétente et communiquer toutes les informations nécessaires afin d´évaluer ses répercussions et pouvoir adopter des mesures appropriées. De plus, l´État membre doit en informer la Commission ainsi que tout État membre pouvant être affecté par l´accident.
La Commission crée un registre des accidents survenus qui contient une analyse des causes de l´accident, l´expérience acquise et les mesures prises pour la prévention d´accidents semblables.
Afin de permettre la surveillance, dans l´ensemble de la Communauté de l´utilisation confinée de micro-organismes génétiquement modifiés, les États membres doivent fournir certaines informations à la Commission.
La Commission est assistée par un comité qui règle les questions ayant trait à l´application de la présente directive et à l´adaptation de celle-ci au progrès technique.
La directive 98/81/CE a modifié les dispositions de la directive 90/219/CEE de façon importante, afin de tenir compte des connaissances scientifiques et de l´expérience acquises après l´entrée en vigueur de la directive 90/219/CEE. Les principales modifications concernent :
la simplification des procédures administratives ;
l´instauration d´un lien entre les exigences de notification et les risques que posent les utilisations confinées ;
l´ajout d´une liste de micro-organismes génétiquement modifiés ne présentant pas de risque pour la santé humaine ou l´environnement.