Il est membre honorifique à vie de la National Rifle Association américaine (Association nationale des armes à feu, NRA) dont il a été le président depuis 1998, il abandonne la présidence de l'association en 2003.
Cette association, pour laquelle Charlton Heston s'est beaucoup impliqué en participant notamment à de nombreux clips télévisuels, défend avec acharnement le deuxième amendement à la constitution américaine autorisant la possession d'armes à feu pour les particuliers. La présidence de Charlton Heston sera marquée par un combat contre la présidence de Bill Clinton qui voulait restreindre la possession des armes à feu, mais aussi par une interview de Michael Moore dans Bowling for Columbine, dans lequel l'acteur apparaît sans doute contre son gré et pour la dernière fois dans un film.