Malgré que était d´usage courant dans le Français classique (XVIIe siècle). Grevisse (Le Bon Usage, 13 éd., § 1091-1093) estime qu´il était peut-être d´usage populaire, mais que la locution a perdu ce caractère. Il cite d´ailleurs maints exemples tirés des meilleurs auteurs, appuyés parfois par l´imparfait du subjonctif (il ne s´agit donc pas de mettre seulement un « parler populaire » dans la bouche d´un personnage) : chez Maupassant, Barrès (ne fut-il pas de l´Académie ?) , Anatole France (qui y fut la caution de gauche, sans doute. Mais c´est un auteur français dont la langue à la fois claire et pure a su se mettre au service de bien des causes justes, dont la dreyfusiste... et qui fut, on l´ignore trop souvent, couronné du prix Nobel de Littérature), Proust, Mauriac, Cocteau).
Hanse, pour sa part (Nouveau Dictionnaire des Difficultés du Français moderne), relève plus simplement que « malgré que, loc. conj., condamné avec obstination par les puristes, est incontestablement correct au sens de bien que et est suivi du subjonctif. »
On ne saurait donc juger fautif, ni même incorrect, l´emploi de malgré que. Toutefois j´avoue qu´il me paraît peu euphonique. L´habitude s´est prise d´employer malgré comme préposition introduisant un complément circonstanciel. Bien que et quoique (à ne point confondre avec quoi que) méritent d´être privilégiés. En somme, sans pouvoir pénaliser l´emploi de malgré que et sans enseigner (à tort) qu´en user est fautif, j´invite à privilégier bien que ou quoique.
Mais, comme il se doit dans mon cas, c´est une appréciation individuelle et portative. Tout ceci n´est finalement qu´une question de musique des sons et des mots... et de la perception que l´on en a.