Tu peux toujours essayer de désinstaller/réinstaller le jeu en gardant dans un coin tes fichiers de sauvegarde actuels. Lorsque relancera le jeu sans aucun mod et que tu chargera ton ancienne sauvegarde, une pop-up t´indiquera que la config du jeu à changer (ou un truc comme ça) mais tu pourra quand même jouer et accessoirement sauvegarder à nouveau pour éviter d´avoir cette pop-up la fois suivante.
Sinon le principe même des mods n´est pas des plus propre il est vrai (encore que cela dépende aussi du talent du modeur et de l´optimisation qui fait de son oeuvre) mais il suffit d´être un peu organisé et de regarder les fichiers relatifs à chaque mod (dans le répertoire data) pour pouvoir les déinstaller proprement si jamais on s´en lasse.