Cool !
Pour le montage et les FX tu peux utiliser Adobe After Effects, qui a un très bon rapport puissance/temps d´apprentissage humainement possible.
J´ai quelques potes qui font des petit trucs en pate à modeler : souvent dégeus, les animes amateur ne nécessitent que quelques petits détails et astuces pour devenir vraiment fun.... et moult patience.
Pour la 3d, j´y connais pas grand chose. J´ai un pote qui fait des rendus pour ANTE Films (code llyoco...) et il utilise Softimage XSI qui semble, si tu pars de 0 en 3d, etre assez rapidement exploitable (j´ai essayé une fois 3dsMax :ce ne fut que soufrance et frustration )
Pour l´anime 2d (je me tate depuis un moment mais je suis une pipe en dessin, je prefere la colorisation) je pencherai plus pour le combo Illustrator/After Effect que pour flash (rendu "saccadé") ou toonz Xsi (mystérieux logiciel). Y a aussi ToonBoom Studio mais je le connais pas
Cela dis, bonne chance et bon courage.