De retour au village de Konoha avec Naruto et Kakashi, Sakura révèle au 5e Hokage, Tsunade, ce que lui a dit Sasori: qu´il a un espion auprès d´Orochimaru et qu´il a rendez-vous avec lui 5 jours plus tard.
Tsunade décide alors de former une nouvelle équipe qui partirait à la rencontre de cet espion, Kakashi ne pouvant venir à cause de blessures. Sakura et Naruto font évidemment partie de cette nouvelle équipe et Tsunade décide de mettre Yamato à la tête de cette équipe. Le quatrième membre de cette équipe est Sai, jeune homme qui n´a aucune histoire et aucun sentiment, qui ignore les liens qui peuvent unir une équipe. Evidemment, il y a des tensions entre lui et Naruto.
La nouvelle équipe se met alors en route vers le point de rendez-vous et des conflits de plus en plus virulents ce font entre Sai et Naruto. Heureusement, Yamato arrive à canaliser ses membres. Mais Sakura perd tout de même son sang froid quand Sai insulte Naruto et le frappe au visage.
Finalement arrivés au lieu de rendez-vous, Yamato se métamorphose en Sasori (Henge no Jutsu) et retrouve l´espion qui se trouve être le bras droit d´Orochimaru : Kabuto. En fait, Kabuto n´avait pas trahi son maître, car celui-ci était également au lieu de rendez-vous. Un combat commence alors entre le ninja légendaire et Naruto. Celui-ci perd le contrôle de soi au profit de son démon intérieur Kyuubi et quatre queues apparaissent. A ce stade, il n´a plus rien d´humain et va jusqu´à blesser Sakura au bras. Finalement, Orochimaru s´enfuit, en compagnie de Kabuto et de Sai, jusqu´à son repaire. Le clone de Yamato les suit de loin. Sakura, Naruto et le vrai Yamato se lancent à leur poursuite.
arrivés au repaire, ils retrouvent d´abord Sai, qu´ils pensent être un traitre mais qui se révèle être un espion travaillant à la solde de Konoha. Sai avoue alors avoir vu Sasuke. Sakura et Naruto partent immédiatement à sa recherche mais c´est Sai qui le retrouve en premier et tente de le capturer pour le ramener auprès de Sakura et Naruto. Mais Sasuke, qui vient d´être tiré de son sommeil, fait littéralement exploser la pièce dans laquelle il se trouve. Sakura est alors la première à revoir Sasuke qui a bien changé... Commence alors un combat clairement au désavantage de l´équipe Yamato, combat interrompu par Orochimaru et Kabuto, qui souhaite que les ninja de Konoha restent en vie, étant également ennemis de l´Akatsuki.