Le colonel commence la conversation en décrivant la vraie nature des Patriots. Il dit qu?on ne peut pas les qualifier d?êtres humains. Il continue en affirmant que les Patriots incarnent la moralité et la discipline. Il explique finalement le vrai plan S3.
En fait, Ocelot s?était trompé. Il ne s?agissait pas de « Simulation de Solid Snake » mais de « Sélection pour la Santé mentale de la Société ».
Ce système était mis au point pour contrôler la conscience et la volonté humaine. Il dit à Raiden que son expérience n?est en fait que l?aboutissement le plus amélioré. Il n?avait décidé que de reproduire l?incident de Shadow Moses parce que les conditions en étaient extrêmes et que les réussites et les défaites de Raiden étaient tout simplement secondaires. L?objectif réel était de pouvoir les générer et les manipuler.
Le colonel souligne ensuite que les Patriots ne veulent que le bien de l?humanité. Ils ne font que supprimer ce qui est futile et ne sert à rien. Ils veulent donner une vraie signification aux choses pour les transmettre aux générations futures. Le colonel finit en disant que la dernière étape à suivre pour le plant S3 est de vaincre Solidus.
Raiden n?a d?autres choix, si il veut sauver l?enfant d?Olga, que de combattre Solidus. Il réussira à le vaincre.
Raiden, maintenant parmi la foule, voit Snake sain et sauf. Ils commencent à discuter. Snake divulgue alors à Raiden qu?il possède la liste des noms des Patriots. Il finit en conseillant au jeune homme de vivre sa vie et de bâtir son propre futur.
Raiden continu son chemin et croise Rose (la vraie) qui lui dit qu?elle l?aime en lui demandant de l?accepter comme elle est vraiment.
Raiden la sert dans ses bras en même temps qu?elle lui dit qu?elle est enceinte.
À la fin du générique du jeu, on entend Snake faire un serment sur les humains qui ne vivent pas seulement pour passer leurs gênes de génération en génération mais également leurs connaissances et leurs convictions.
On entend ensuite Otacon parler à Snake. Il lui dit qu?il a trouvé qui sont les Patriots mais que ceux-ci sont tous morts? il y a plus de deux cents ans.