Version 1.1.0-1E (24/03/2011) : Cette mise à jour ajoute une vidéo en 3D qui sera effacée lors de la prochaine mise à jour, Nintendo affirme que cette mise à jour améliore les options de communication de la console48.
Version 2.0.0-2E (07/06/2011) : Cette mise à jour ajoute le Nintendo eShop, où les joueurs peuvent télécharger des logiciels gratuits ou payants, voir des bandes-annonce de films et de jeux, le tout en 3D. Deux jeux sont offerts gratuitement jusqu’à une certaine date:
Pokédex 3D, un jeu qui permet de collectionner des Pokémons issus des jeux Pokémon Noir et Blanc.
Excitbike 3D Classic, une version en 3D relief du jeu Excitebike sorti sur NES en 1984. Gratuit jusqu'au 7 juillet.
Cette mise à jour ajoute le Navigateur Internet, elle améliore la fonction SpotPass, elle améliore les performances de la console et elle ajoute l'utilitaire de transfert de données à partir d’une console Nintendo DSi ou Nintendo DSi XL. Avec cet utilitaire, les possesseurs de Nintendo DSi ou de Nintendo DSi XL peuvent transférer les images de l’appareil photo de la console, les son du studio son de la console et les jeux téléchargé sur la boutique Nintendo DSiWare. Les éléments transféré sont supprimé de la console d'origine. Nintendo offre jusqu'au septembre 2011 , 300 étoiles sur le compte Club Nintendo de chaque personnes qui relient leurs comptes Nintendo eShop et Club Nintendo
Version 2.1.0-3E (16/06/2011) : Cette mise à jour permet la résolution d’un problème technique éventuel dans Ridge Racer 3D : dans certains cas, suite à l’installation de la mise à jour 2.0.0-2E sur la console Nintendo 3DS, l’écran pouvait se figer lors de l’utilisation du jeu Ridge Racer 3D. Ce problème a été résolu. Cette mise a jour permet aussi l’amélioration des performances de la console et autres ajustements : les performances générales de la console ont été améliorées et divers ajustements mineurs ont été réalisés afin d’optimiser le confort d’utilisation.
Version 2.1.0-4E (26/07/2011) : Amélioration des performances de la console et autres ajustements. Les performances générales de la console ont été améliorées et divers ajustements mineurs ont été réalisés afin d’optimiser le confort d’utilisation.
Autre mise à jour (23/11/2011)49,50 : Cette mise à jour accueille la possibilité de filmer avec la console, apporte des améliorations à la Place Mii et au Nintendo eShop et permet de jouer à un nouveau jeu StreetPass. Ajout d'une application nommée en anglais Swapnote, messagerie via Streetpass et Spotpass, avec la possibilité de créer des messages écrits, dessinés à la main ou encore sonores.
Les détenteurs de consoles Nintendo 3DS sont grace à cette mise à jour en mesure d'enregistrer des vidéos en 3D, de jouer à de nouveaux puzzles dans la place Mii StreetPass et de télécharger un éventail de nouveaux jeux Nintendo 3DS ainsi que d'autres contenus prometteurs signés Red Bull, Eurosport and Aardman Animations.
Capture vidéo en 3D
Les détenteurs de Nintendo 3DS sont comblés grâce à la mise à jour système de la fin du mois de novembre qui permettra d'accéder à de nouvelles fonctionnalités et améliorations. Parmi celles-ci, la possibilité de réaliser des vidéos en 3D ; les utilisateurs auront la possibilité d'enregistrer jusqu'à 10 minutes de vidéo en 3D et de créer leur propres vidéos en animations image par image. La mise à jour apporte également de nouveaux puzzles pour Puzzle troc dans la place StreetPass Mii et un nouveau donjon pour Mii en péril.
