Oui ils n'étaient pas appréciés ils avaient le status de burakumin ( http://fr.wikipedia.org/wiki/Burakumin ).
Pour la question sur le physique je vais juste citer ton lien :
"Origines, différentes hypothèses
Hypothèse caucasienne
Morphologiquement, les Aïnous ne ressemblent pas aux Japonais. Ils sont plus grands, leur carrure et pilosité sont plus affirmées, leur peau est plus claire, leur visage moins lisse et leurs yeux ne sont pas bridés. Ils ne sont pas mongoloïdes (type morphologique des Japonais, Coréens et Chinois). Avec ces caractéristiques physiques, ils ont été longtemps associés au type caucasien. Les Aïnous actuels sont en fait largement hybrides et ressemblent donc plus aux Japonais qu'il y a quelques siècles."