Alors, mon site est mal foutu et un peu à l'abandon, mais il contient un tuto que j'avais écrit il y a longtemps:
http://www.icustomiz.com/category/tutoriel/
... Ca peut te donner les grandes lignes, , néanmoins je te conseillerais télécharger un thème sur Cydia, gratuit et complet, afin de regarder comment se nomme les fichiers ainsi que leur dimensions, ... Car mon tuto date de l'iPhone 3GS/4 , et y a pu y avoir pas mal de changement entre-temps.
(aussi ça ne concerne que les thèmes winterboard, les autres type de thème je ne connais pas vraiment).
En gros par rapport à mon site, les logiciels utilisable sont encore valable sauf le plutil dont le site est HS, je te conseil de chercher les éditeurs de plist sous Windows, je sais qu'y en a au moins un gratuit et fonctionnel.
Après, je sais que le gros soucis est que depuis: des noms ont sûrement changer au niveau des fichiers images, j'ignore si les fichiers "pour iPhone 5 et +" ont un nom dédié (comme les Retina avait le @2x dans le nom), ... Et je te conseillerais donc pour ça de regarder comment c'est organisé dans un thème gratuit qui soit récent et le plus complet possible (afin de récupérer le plus de chose tranquillement).