Salut,
D'après ce que je sais, Cydia ne peut afficher qu'un nombre maximum de paquet (65000) il me semble.
Dans le message d'erreur que t'affiche Cydia, tu devrais avoir le nom d'une source qui pourrait poser problème.
Si c'est le cas, supprime la source indiqué et tout devrait rentrer dans l'ordre.
Peux-tu poster une capture d'écran du message d'erreur?