CloudReaders est gratuit il me semble ( http://itunes.apple.com/fr/app/cloudreaders-pdf-cbz-cbr/id363484920?mt=8 ) et l'autre est payant , mais il y a d'autres applications que j'ai pas testé. CloudReaders est plus fluide mais son interface est moins belle comme tu peux le voir.
Pour les mettres sur l'ipad , ça se passe dans iTunes comme dans ce tuto général : http://www.igeneration.fr/ipad/astuce-le-transfert-de-fichier-du-mac-l-ipad-et-vice-versa-11675
Pour télécharger les manga, il faut chercher un peu sur google c’est pas compliqué. Mais télécharger des manga licenciés est illégal , et tu trouveras difficilement en bonne qualité les premiers tomes d’anciens manga.