J'ai toujours trouvé les jeux 2D plus difficiles à appréhender, parce que plus artificiels, plus éloignés de la réalité.
Même si les jeux 3D proposent souvent plus de coups ça reste plus simple à intégrer parce que c'est logique, on peut plus facilement y calquer des schémas tirés du quotidien.
Par exemple dans Soul Calibur t'as pas besoin de beaucoup te creuser la cervelle pour découvrir que les pas latéraux esquivent les attaquent verticales, alors que les notions de cross-up ou d'over-head sont impossibles à saisir si l'ont ne connait pas au préalable les règles du jeu de combat 2D.
Au final c'est un peu du pareil au même, la 3D est plus riche mais plus accessible.
Pour ce qui est du prestige ça dépend franchement plus de la licence que du type de jouabilité.
On pourrait penser que la 2D est plus prestigieuse car plus ancienne, bénéficiant d'un cachet d'authenticité, mais en fait la 3D est venue très peu de temps après : Street Fighter 2 sort en 1991, Virtua Fighter en 93.