Plus accessible, clairement non. Il nécessite un langage différent, c'est donc aussi complexe pour l'un que pour l'autre pour ce qui est de la modification des styles.
Plus rapide, non plus, ils sont tous deux instantanés pour la modification de l'apparence.
Stylish a un seul et unique avantage : il n'a pas besoin d'attendre que la page soit complètement chargée pour s'exécuter.
Le Javascript a un énorme avantage : il peut faire beaucoup plus que modifier le style.
De là tout dépend de ce que l'on veut faire.
R06, quand un modo supprime un message, ça ne le fait disparaitre que si on rafraichit la page donc appuyer sur supprimer ne doit PAS masquer un message. 
Et sinon le lien que tu pointes, en plus de ne pas être à jour, faisait déjà l'impasse sur les scripts majeurs de l'époque (entre autre JVF). Donc pas très pertinent. ^^
Chocolayte, pas faut j'avais complètement oublié ces boutons.
AncesTroll, la liste de mes scripts est ici : http://userscripts.org/users/79023/scripts
Par contre ce qu'ils font c'est pas toujours précisé. 