Enfin j'sais pas, j'trouve le raisonnement un peu débile. 
Si c'était un logiciel clean de gestion des pseudonymes ou une autre connerie sympa de ce genre, t'aurais pas pu l'utiliser non plus. Tourner sur un os qui ne gère pas les exe, ça ne t'aide pas à vérifier si le soft est malveillant ou pas.
Donc dans l'absolu, linux ou pas linux, ça ne change rien. Il suffit juste de ne pas exécuter les executables pour être en "sécurité", qu'importe le système d'exploitation.
Le seul avantage de Linux, ça aurait été si le exe exploitait une faille pour se lancer automatiquement sans confirmation de l'utilisateur.