Cela dépend de ce que tu veux faire... Si ce n'est que pour faire du retro-gaming, les deux machines sont intéressantes. L'amiga a en général de meilleurs graphismes et un son largement supérieur. On trouve des Amiga 500 à partir de 15 Euros sur Le Bon Coin ou eBay. Si tu peux, prend plutôt un Amiga 1200, c'est un peu plus cher mais tu auras accès à bien plus de jeux. De plus, ce sera plus simple d'y adjoindre un lecteur de cartes sur le port PCMCIA, voire d'aller sur le net.
Toujours pour du retro-gaming, tu peux aller voir du côté du Minimig, un Amiga tout neuf et moderne (utilise des cartes SD au lieu des disquettes) mais aux caractéristiques matérielles des Amiga 500 et 1200.
Si c'est pour en faire une machine moderne d'aujourd'hui (internet, lecture vidéo, jeux...), il n'existe plus de machines Atari modernes depuis plus de 10 ans, donc ne te poses plus de questions. Par contre, du côté Amiga, il existe de nombreux modèles de nouvelles machines compatibles Amiga : Pegasos, AmigaOne, Sam440 en attendant le nouvel AmigaOne X1000, la nouvelle bombe qui commence à buzzer sur le net (sortie à la fin de l'année). Cela va de quelques centaines d'euros pour un Pegasos d'occase à 700 Euros pour une Sam460 neuve. Il est également possible d'utiliser certains Mac PowerPC pour y installer MorphOS, une distribution (payante) du système Amiga. Sinon, sur un PC, on peut installer Aros (Brodway ou Icaros), une distribution open source du système Amiga.
Perso, je suis sur un Pegasos II G4 avec la dernière version de MorphOS (2.5) enregistré. Et j'installe de temps en temps la dernière version d'Aros sur un PC pour voir où cela va (ela avance très vite).
D'autres questions ? http://www.robotimpact.org