Je te conseille de télécharger la factory image : https://developers.google.com/android/nexus/images#nakasi
Puis tu vas sur Flash stock + Unroot et tu sélectionne ta factory image. Une fois fait, tu vas sur OEM Lock pour revérouiller le Bootloader pour tout remettre a zéro, ensuite tu peux recommencer.
Par contre, tu as bien le Nexus Root Toolkit v1.6.3 ?