sur mon nexus 4, normal qu'après root, il réinstalle toutes les applications ? et qu'elles ne sont pas déjà présentes ... ?

T'as flashé une rom ?

non j'ai seulement rooté pour l'instant

Oui t'as du débloque le bootloader vu que c'est ton premier root, du coup t'as perdu toutes tes données et avec ton compte google t'as une restauration de tes paramètres et aplications

d'accord merci

par contre j'ai pas l'air de récupérer mes photos pour l'instant

Tu vas pas les récupérer

pas normal non

Optimisation de l'application 15 sur 248 ?

Ça le fait à chaque modification au niveau de la ROM il me semble. C'est le Dalvik Cache qui se reconstitue.