Tout débute en 2552. La Terre connait un surpeuplement, c´est pourquoi beaucoup de populations migrent vers d´autres planètes. Une de ces planète, Reach, abrite un enorme centre militaire. 32 ans auparavant, la planète
Harvest a été envahie par une horde de races extraterestres unies, les Covenants. Ceux-ci veulent détruire la race humaine car ils les trouvent " indignes de leur dieux". Sur Reach, un projet militaire secret projette de créer des
super-soldats pour contrer cette menace, les Spartan-II. Ceux-ci ont enregistré des résultats impressionants au combat. Malheureusement, avant d´être perfectionner, Reach fut attaqué et tout le projet fut détruit. Un seul vaisseau réussi a s´enfuire avec le denrier Spartan-II a son bord, MasterChief. Les humains ont alors découvert le Halo, un énorme anneau qui semble abriter les Covenants. Il décide alors d´y envoyer MasterChief pour essayer d´en savoir
plus sur leur monde. Mais très vite il se rend compte de ce qu´est vraiment l´anneau : une arme destructrice habité d´horribles créatures, les Floods. Il décide alors de détruire l´anneau. Après les exploits de MasterChief et la déstruction du Halo, les Covenants ont reussi a localisé la Terre et ont lancé une attaque massive contre celle-ci. L´hstoire débute ici. Equipé de votre nouvelle armure de type Mark-VI, vous êtes envoyé dans une ville en Afrique
pour contrer les attaques Covenant et aider les derniers survivants. C´est là que débute l´histoire de Halo 2...