NTFS ou FAT 32, c´est pas ça qui t´empeche d´installer windows.
Le NTFS est plus fluide et plus rapide ( conseillé si tu fait de la vidéo).Il me semble qu´avec XP, le CD d´install ne te propose que le NTFS.
Pour le FAT 32, passe par une installation " classique" avec disquette de démarrage, comme pour win 98