Déjà, ce n´est pas parce que tout va vite à l´écran que ton PC tourne nécessairement plus vite.
Il me semble au contraire qu´il s´agisse plus d´un problème de gestion des bus qu´autre chose. En gros, ton port AGP ou PCI-e attend son tour avant de balancer et de recevoir des informations, d´où les effets de saccade.
Pour commencer, as-tu fait un scan antivirus ?
Est-ce que tes drivers chipset carte mère sont à jour ?