ben d´abord tu formates le disque dur secondaire ( celui où y a pas windows quoi) et après tu mets tout ce que tu veux garder sur le secondaire et tu formates le principal ( celui où y a windows, program files, etc...) et enfin tu réinstalles windows, voili voilou
c´est pas très compliqué
après si tu veux une méthode pour formater les 2 DD à la fois, j´en connais pas, mais je suis pas un pro du formatage non plus^^