Salut Alex, concernant ta question, la réponse étant plutot longue, car dépendamment de ce que tu veux faire de ton système, je t´ai trouvé une excellente documentation, qui t´expliquera en détails ce que sont les systèmes de fichiers NTFS et FAT32
Ce petit tutoriel devrait bien te renseigner et te permettre de faire un bon choix
http://www.jurixt.com/xp/xp_15.htm