FAT32 ou NTFS dans ton cas, ça n´a pas beaucoup d´importance
Quand tu ré-installes configure ton BIOS pour démarrer depuis ton cd, tu arriveras dans le programme d´installation de de XP où tu pourras créer des partitions ( je te conseille environ 10Go pour ton C:), pour les autres partitions, tu peux le faire dans le programme d´installation ou tu peux le faire dans XP via le gestionnaire de disques