Aujourd'hui et dans la majeure partie des cas, on peut très bien se passer du Java.
Essaye, tu verras, désinstalle le et utilise ton pc comme d'habitude. A peu de choses, certaines applications nécessitent le Java, l'exemple qui me vient à l'esprit c'est Apache Directory Studio.
Quant à tes données, il va de soit que tu sauvegarderas tes fichiers avant de formater et réinstaller ton OS, c'est évident.