Si tu fais la mise à jour depuis Windows 7, normalement tes programmes devraient faire la transition (à quelques rares exceptions près pour cause de compatibilité).
Tous les fichiers contenu dans les dossiers personnels par défaut (Mes images, Mes Documents, ect...) sont automatiquement conservés, et tout les fichiers des programmes qui ne le sont pas sont placé dans un dossier "Windows.old", pour être récupérer manuellement ou en cas de retour à Windows 7.
Malheureusement pour Windows XP et Vista il me semble qu'il faille tout réinstaller.