Bien sur que ça peut venir de ton lecteur, tu peux réinstaller ton windows 30 fois si ça t'amuses, si le lecteur est pas branché il risque pas de fonctionner.
Du coup vérifie que ton lecteur est bien branché en ouvrant ton boitier 
et appuis légèrement sur les cables sata de ton lecteur et de ta carte mère pour vérifie s'ils sont bien enclenchées 