Pas de différence, sauf si tu utilises un très long câble (+ de 5m), là le VGA aura des pertes, mais le HDMI étant numérique n'en aura pas. Et encore ça serait vraiment minime.
Il y a aussi quelques jeux PC qui posent soucis en HDMI mais pas en VGA (les crysis par exemple j'ai du créer une résolution custom pour avoir du plein écran, sinon en HDMI j'avais des bandes noires tout autour, alors qu'en VGA aucun soucis)
Mais bon ce sont des cas particuliers, dans la pratique il n'y a aucune différence.