Yop,
Tout d'abord VLC arrive très bien à lire les MKV, il est même très performant là dedans ( en plus d'être totalement sur, gratuit et évolue sans cesse : http://www.journaldugeek.com/2012/12/31/vlc-windows-8-fonds-obtenus-kickstarter/ entre autres).
Le problème chez toi n'est pas la corruption, c'est simplement que ton netbook est incapable de le lire, là ou dans un portable conventionnel ou dans une tour ça aurait fonctionné car l'atom n'a pas beaucoup d'instruction dans son core minuscule ( d'ailleurs tu peux faire le test avec une vidéo youtube, même le 480p rame).
En plus ce qui n'améliore pas la chose, c'est que ton netbook a une résolution de 1024 x 600 et que tu essaye de lire des films en 1080p alors que ta largeur en fait 600. le redimensionnement demande encore plus de travail au processeur ( et à sa maigre partie graphique).
Je parle en connaissance de cause, j'ai aussi un netbook et même les 720p passent tout juste en optimisant l'ordi.
PS : j'aime bien les "connaisseur" qui accusent VLC, c'est epic 