Si tu formates avec ton CD, tu vas effacer les données qui se trouvent sur le disque dur et les remplacer par le nouveau windows.
Passer de 32 bits à 64 bits implique une réinstallation complète de windows. Il est donc conseillé de sauvegarder tes données, que ce soit en créant une partition, en les enregistrant sur un disque dur externe, etc.
Une autre solution, un peu bancale (pour ma part), c'est d'installer windows "à côté" de l'ancien. Tu auras tes anciennes données qui seront accessibles, mais il faudra réinstaller la plupart des logiciels, etc, et c'est pas très propre comme installation