Bah je propose la solution qui me semble la plus facile et efficace... qui ressemble le moins possible à du bricolage...
Après, il existe une multitude de programmes qui permettent le chiffrement des dossiers et fichiers... mais, est-ce réellement intéressant ? (Sachant que le chiffrement logiciel demandera plus de boulot au processeur)
Le système de fichier utilisé par Windows permet nativement de gérer les droits d'accès (sans chiffrement, il y a toujours des moyens de contourner ces droits... mais tout le monde ne sais pas comment ^^) et je doute que tu aies besoins de plus que ça...
Donc, si tu y vas par sessions, il suffira de faire un clic droit sur le répertoire de ton choix et d'aller sur l'onglet "Sécurité" pour définir les droits de chaque utilisateur sur celui-ci.
En plus, travailler par session permet à chaque utilisateur d'avoir sa propre configuration.
Mais bon, si tu cherches absolument un programme plutôt que de passer par les fonctions natives, google t'en proposera un bon paquet... personnellement, je n'en ai aucun en particulier à conseiller.