Je te déconseille vivement d'installé windows 7 sur un disque dure externe.
Le transfert en usb sera trop lent par rapport à un disque dure interne branché en s-ata. Windows sera surement très, très lent.
Néanmoins si tu tient absolument à le faire, pendant l'installation tu aura le choix de formaté le disque dure ou pas, si tu ne le formate pas, il placera tous tes dossiers et fichier dans un dossier "windows.old", a la racine du disque dure.