Avec VirtualDub (tu peux utilisé Avidemux qui est très proche de VirtualDub, mais avec des filtres en plus plutôt intéressant et une interface Qt), tu dois installer ceci:
http://ffdshow-tryout.sourceforge.net/
(prend la beta6)
Une fois installé, ffdshow (que l'on utilise en géneral comme "décodeur" en remplacement de codec), dispose d'un mode moins utilisés mais encore plus puissant: encodeur , et tu peux alors le sélectionné dans la liste des codecs de VirtualDub, ensuite tu vas dans ses propriétés, et là tu te retrouve avec un panel complet et de nombreux formats disponible... Dont le mp4 