Si tu passe de ATI à nvidia (ou vice versa) ça va surement pas être bon pour le PC, même si je n'ai jamais essayé.
Par contre de ATI à ATI ou de nvidia à nvidia ça doit pas trop posé de problème mais personnellement j'aime bien les trucs "propre".
Tu peut les désinstallé à partir de ajout/suppression de programme qui se trouve dans le panneau de configuration.