Moi j'utilise Diskeeper, celui que j'ai préféré de tous, mais payant.
Tu n'as pas un problème avec ton disque dur? Le défragmenteur windows est lent, mais quand même... C'est un externe?
Telecharge HD Tune, fais un petit test, et donnes nous tes résultats, ça va tester la capacité de ton disque...
http://www.clubic.com/telecharger-fiche12775-hd-tune.html
Sinon, je te déconseille d'installer linux sans partitionner.