Oui, toutes les cartes en PCI Express passent sur les ports PCI Express, peu importe le multiplicateur ! Tu auras peut être des pertes de performances jusqu´à 20% par contre.
Moi j´ai une X850 XT PCI-E (X16) qui passait nickel sur du PCI-E X4 (carte merde asrock).
Aucun souci pour ça, la rétrocompatibilité est entièrement assurée ! C´était déjà la même avec l´AGP.